学会部门
中国中医药研究促进会新中医分会在理事会、常务理事会的领导下，由秘书长主持日常工作。学会机关设有6个部门：办公室、宣传部、事业发展部、学术部、国际交流部、会员服务部;
办公室
负责处理机关政务及组织协调相关日常工作，包括机关会议组织、领导批示和重要政务工作的督办、文电处理、机要、保密、信访等;负责组织年检等信息上报;负责公文的运转及文书档案、人员考勤、学会印章的管理工作;负责组织重要文件和工作规划、总结等文字材料起草工作以及年度报告的编写工作;负责机关各项规章制度的制定、监督执行，为学会依法依章程办事提供制度保障;负责学会纪检相关工作;负责探索并推进学会秘书处实体化建设，着力打造运转高效、规范有序的实体办事机构;负责学会秘书处宏观战略发展研究。
学术部
负责学术委员会办公室日常工作联系协调，调查研究中医药学术发展现状及存在问题，提出专家建议;负责征集、汇总、初审年度学术会议项目，编制学术会议计划并报批公布，审核批准会议通知，对学术会议实施监督管理与质量评价，收集会议资料;负责重要学术会议前期方案的起草、论证、报批，学术内容统筹;负责分支机构的设立、组建、换届、评估等日常管理;参与理事会、常务理事会的筹备;参与学会工作会议筹备;其他工作任务。
宣传部
推动学会信息化建设，根据国家战略需求，推进学会网站的改版升级，关注社会热点，推动互联网+工作，更好的服务政府、服务社会、服务基层，负责本会官方网站的开发维护、运营管理及安全防护工作;负责本会官方微信等新媒体的运维;负责本会会讯的编辑工作;负责本会活动影音资料的采集、整理和储存工作;负责资料室的管理工作。
负责学会继续教育工作。组织开展学会继续教育相关的规定、标准和专业技术人员继续教育计划等内容的研讨和制定工作;组织开展继续教育项目的立项、申报、实施和规范化管理工作;负责学会科学普及工作。面向社会公众、专业技术人员，组织开展中医药理论、知识、文化等方面的推广和普及工作;组织开展继续教育与科学普及方法、手段、内涵等方面的创新工作;探索推进中医药科普信息化与“互联网+”结合的服务工作。
国际交流部
负责开展国际学术交流、科技合作以及本会对外合作项目的审查与管理;负责组织本会各部室、分支机构、合作单位等与境外相关国际与地区组织、学术团体、大学、科研机构、医药公司等的沟通与联络;发展与联系外籍会员;承担国际会议和双边及多边会议的组织管理工作;负责因公出国(境)管理工作;开展与港澳台地区的学术交流与合作;促进国际中医药人才的资格互认工作;促进中医药服务贸易的开展;加强中医药在“一带一路”周边国家及重点地区的交流和传播;落实中医药创新驱动战略;推动民间特色中医药的国际交流。
事业发展部
开展中医药科研项目、科技成果的评价、评估;评选、奖励、举荐优秀中医药科技成果(包括学术著作、科普著作、政策研究成果等)、国内外优秀中医药人才;推动中医药科技成果的转化和应用;加强中医药科技成果的创新机制研究;为有关政府部门中医药科技政策的制定与决策提供咨询服务;承担学会或政府委托的其他任务。
开展中医药行业相关政策研究与解读;组织中医药学术研究及相关技术评价;开展中医药行业调研与战略咨询，为中医药企业提供技术服务等工作;对新药研发和中药大品种发展进行市场化、科学化的研究;探索推进企业服务政府、服务社会、服务基层的诊疗模式建设和人才培养工作。
会员服务部
制定会员发展规划，做好分会个人会员和团体会员的发展工作，加强会员联络站的建设和会员联络新模式的探索，加强会员分类管理，搭建会员服务平台、加强会员教育培训、会费收缴管理工作和会员发展服务的调研和宏观研究。
